成功旗魚廟位於成功漁港旁,為全臺唯一一座祭祀旗魚神的廟宇。旗魚廟正式名稱為成功萬善廟,為供奉萬善爺的道教廟宇,由於自2000年起,還祭祀了一尊木雕旗魚神,因此獲得了旗魚神廟的別稱。

最早於戰後時期,當地便建有祭拜無主孤魂的簡易小廟,直到1956年才由地方仕紳李益義至臺南南鯤鯓萬善堂,將萬善爺分身請回成功建廟。
2000年時,成功漁港內漁獲驟減,漁民們開始向萬善爺求助,某天,萬善爺託夢指示廟婆一個海域,並要求雕刻一尊旗魚神,而後漁民們便照著萬善爺指示的地點出海,果真滿載而歸,因此廟婆也迅速找師傅雕刻了一尊旗魚神像,久而久之也讓越來越多在地及外地的漁民來此參拜,祈求漁獲豐收。

現今旗魚神除了被供奉於萬善廟內,於每年的元宵節以及10-11月的成功旗魚季,旗魚神也會參與遶境活動。而當地更是流傳著「摸你旗魚頭、乎你好彩頭、摸你旗魚肚、乎你載滿肚、摸你旗魚尾、乎你抓通尾」這樣的諺語,因此吸引了許多漁民以及遊客前來參與朝聖,一睹旗魚神的風采。